مجموعه شاه نعمتالله ولی شامل حسینیه، مقبره شاه خلیلالله ثانی، بازار، مدرسه، مسجد، زورخانه، میدان و آبانبار میباشد که در مرکز شهر تفت در نزدیکی هم واقع شدهاند. این بخشها قدمتی طولانی دارند و از لحاظ تاریخی بسیار ارزشمندند. ساخت بنای اولیه این مجموعه را به خانش بیگم، خواهر شاه طهماسب و همسر یکی از نوادگان شاه نعمتالله نسبت دادهاند که مربوط به قرن دهم میشود ولی تاریخ ثبت شده بر روی محراب مسجد شاه ولی این احتمال را رد میکند و از قرن نهم سخن میگوید.
مقبره شیخ خلیل الله ثانی یزد بخشی از این مجموعه وسیع است که در اصل یک خانقاه است. شکل بنای این بقعه مربعی است و گنبدی آجری و زیبا بر فراز آن قرار دارد. این گنبد با آجرهای لعابدار سبز لاجوردی مزین شده است و کلمه علی (ع) بر بام گنبد و کلمه یا علی (ع) بر ساق آن نگاشته شده است.
در زیر این گنبد آجری شمایل 9 قبر مشاهده میشود که روی همه آنها سنگهای مرمرین خوشتراش و ظریفی نصب شده است که یکی از آنها مقبره شیخ خلیلالله ثانی است و روی آن نقشهای گل و بته و کتیبهای به خط نسخ نقش بسته است.
اتاقی در سمت راست مقبره شیخ خلیلالله ثانی به چشم میخورد که به مقبره شیخ محمد شهرت دارد و از بخشهای قدیمی به جا مانده است. بر روی دیوار این اتاق کاشی معرقی نصب شده است که روی آن حدیثی از پیامبر به خط نسخ و اشعاری مذهبی به رنگ سفید نقش بسته است.