بارگاه امامزاده سید جعفر محمد در نزدیکی دروازه قرآن یزد و ورودی شهر قرار دارد. نسب این امامزاده با شش واسطه به امام ششم میرسد. این امامزاده نوه امامزاده جعفر( محمد ابوجعفر) متوفای ۴۲۴ هجری قمری است که او نیز سیدی شریف و صاحب کرامت بوده است. از کلام علمای انساب پیداست که امامزاده سید جعفر یزد نیز مانند اجدادش به زهد و تقوی شهرت داشته و از سادات حسینی مشهور عصر خود بوده است.
امامزاده سید جعفر محمد(ع) از جمله سادات شریفی است که اواخر قرن چهار در شهر یزد زاده شد و وفات ایشان نیز طبق بعضی از قراین در نیمه دوم قرن پنجم هجری است. چون این امامزاده سیدی محترم و عزیز بوده مردم شهر یزد پس از وفات وی بر سر تربتش بقعهای بنا کردند. بارگاه باشکوه امامزاده سید جعفر محمد صحن و سرای زیبایی دارد. تعدادی از شهدای انقلاب اسلامی در این قسمت دفن شدهاند.
این بنا به لحاظ تنوع رنگ کاشیها و کنار هم قرار گرفتن کاشی و آجر سفال زیبایی خاصی دارد. تزیینات داخلی بنا شامل سر در، ایوان، کاشیکاریهای زیبا، مقرنسکاری و آیینهکاری است. کتیبهای با خط ثلث نیز در بقعه موجود است. تاریخ احداث بقعه سال ۵۷۵هجری قمری و تاریخ بازسازی آن سال ۱۳۵۴ هجری شمسی میباشد. امروزه این مکان زیارتگاه بسیاری از اهالی یزد است که از گوشه و کنار شهر به زیارت این بارگاه میآیند.