بنایی که امروز برافراشته است و مکانیست مقدس برای مسلمانان، پیش از اسلام نیز برای زرتشتیان مقدس بوده است. در جایی که امروز بنای باشکوه مسجد جامع یزد خودنمایی میکند، در روزگار ساسانیان آتشکدهای بر پای بوده که در آن از آتش مقدسی که نماد نور یکتاخداوند بوده است، مراقبت میکردهاند؛ نیاکانی که علیرغم گمان برخی، چون یکتاپرست زرتشتی بودند، انقدر آسوده به یکتاپرستی اسلامی گرویدند. ساختمان مسجد پس از اسلام و در طی بیش از 100 سال ساخته شد و در دوره شاهان مختلف، گوشهای از آن شکل گرفت. میگویند علاالدوله کالنجار، حاکم یزد در طی سالهای 474 تا 498، نخستین کسی بود که بر ویرانههای آتشکده باستانی این مسجد را بنا کرد. براساس تخمینها و همچنین کتیبههای یافت شده در مسجد که تاریخ 770 قمری را بر خود دارند، بخشی از بنا، شامل گنبد و بارگاه، متعلق به دوره ایلخانی است و سردر رفیع آن و بنای باقی قسمتها یادگار شاهرخ تیموری است که بر کتیبه سردر و با تاریخ 861 نیز ذکر شده است. در دوره قاجار به منظور مرمت بنا، قسمتهای از مسجد تخریب شد و آنچه ما امروز با عنوان مسجد جامع یزد میشناسیم، بخش باقی مانده آن است.
زیربنای این مسجد حدود 10000 مترمربع است. ایوان بلند، شبستانها، گرمخانهها، صحنی وسیع، گنبد دو لایه، محراب فوقالعاده زیبا و گلدستههای مرتفع مسجد، که بلندترین گلدستههای شناخته شده در ایران هستند، از جمله بخشهای مسجد جامع یزد هستند. کاشیکاریهای فوقالعاده زیبای ایوان، گنبد و محراب مسجد، آنقدر چشمنوازند که میتوان ساعتها به آن خیره شد و هر بار نقشی جدید کشف کرد. خطاطیها و نقوش تودرتو و تکرارشنونده گلدستهها و گنبد، نوردهی فوقالعاده ایوان اصلی و جداره داخلی گنبد و ... مسجد جامع یزد را به یکی از شاهکارهای معماری و کاشیکاری ایران تبدیل کرده است. جایی که همواره گردشگران و هنردوستان بسیاری را به خود جذب کرده است.