"شاهچراغ لقب احمد بن موسی، پسر ارشد امام موسی کاظم (ع) بوده است و همین علت نامگذاری شاهچراغ است. البته یکی دیگر از برادران امام رضا (ع) به نام محمد بن موسی نیز در این حرم به خاک سپرده شدهاند. این دو بزرگوار در حال سفر به خراسان برای پیوستن به برادر خود بودند که دست تقدیر ایشان را در این محل به دیدار حق فراخواند.
بنای بارگاه به دوره اتابکان فارس باز میگردد. هنگامی که ملکه تاشی خاتون، مادر شاه شیخ ابواسحاق اینجو، به سبب ارادتی که داشت، در عرض 5 سال بارگاه و گنبدی بزرگ برای آن ساخت و در کنارش مدرسهای نیز بنا کرد و تعداد زیادی از مغازههای اطراف را نیز وقف حرم کرد. پس از آن و در سال 912 ه.ق. شاه اسماعیل، بهسازی گستردهای انجام داد که 80 سال بعد بر اثر زلزله آسیب فراوانی دید که البته بازسازی شد. سپس در سال 1142، نادرشاه افشار به یمن پیروزی بر افغانها، با 1500 تومان پول آن روز، حرم را بازسازی کرد و یک قندیل 720 مثقالی از طلای ناب بر گنبد آن آویخت.
در سال 1239 زلزلهای ویرانگر، شیراز و از جمله این بقعه را با خاک یکسان کرد. پس از زلزله، مردم شیراز قندیل نادرشاه را فروختند تا حرم شاهچراغ را بازساری کنند. در زمان فتحعلیشاه، حسینعلی میرزا فرمانفرما مامور شد تا بقعه را با سنگ، آجر و گچ، یک متر از سطح زمین بالاتر ببرد و ضریحی نقره بر مزار بگذارد. البته باز در سال 1269 زلزلهای دیگر گنبد را شکافت تا در همان سال محمدناصر ظهیرالدوله همت به بازسازیش بگمارد. همچنین مسعود میرزا ظلالسلطان، پسر ارشد ناصرالدین شاه، یک ساعت زنگدار بزرگ برای برج جنوبی و یک در نقره برای ورودی حرم اهدا کرد.
در سال 1306 آینهکاریهای داخل حرم انجام شد و در سال 1336 اولین گنبد با اسکلت فلزی با همت سید احمد و سید محمد رضازاده، برای شاهچراغ آماده و نصب گردید. هم اینک نیز طرح توسعه حرم و ایجاد بینالحرمینی بین حرم شاهچراغ و سید علاالدین حسین، با ایجاد زائرسرا، ساختمانهای خدماتی، فرهنگی و ... در دست احداث است.
معماری شاهچراغ از معماری آذری الهام گرفته شده است. آینهکاری، کاشیکاری و انواع خط فارسی و عربی در تزئین داخل حرم به کار رفته است. در جلو یک ایوان و پشت آن فضای داخل حرم با چهار شاهنشین قرار دارد و پشت شاهنشین نیز یک مسجد. ضریح نقره در شاهنشین زیر گنبد قرار گرفته است. حیاط شاهچراغ دو در اصلی ورودی شمالی و جنوبی با سر در کاشیکاری و دو در فرعی دارد. درهای فرعی یکی به مسجد جامع عتیق و دیگری به بازار حاجی میخورد. همچنین یک درگاه در ضلع شرقی وارد بازار شاهچراغ میشود.
حرم شاهچراغ در سمت غربی و حرم میر سید محمد در ضلع شمالی قرار دارد. حیاط بزرگ شاهچراغ دارای حوض، فواره، درختان بسیار، کتابخانه، موزه، پاسگاه انتظامی،اتاقهایی در دورتادور و ... است. زیارت این بقاع متبرک هم بعدی معنوی با خود دارد و هم بعدی تاریخی و زیباییشناسانه.