بنای مدرسه عباسقی خان مشهد به سال 1077 ه.ق. و به فرمان شاه سلیمان صفوی آغاز شد. عباسقلی خان شاملو بیگلربیگی خراسان بزرگ که افغانستان و بخشی از پاکستان را نیز شامل میشده است، مردی اهل فضل و کمالات بود. وی که به علم، مخصوصاً علوم دینی، اهمیت بسیار میداد، با تلاشی بیوقفه همت به ساخت این مدرسه زیبا و بزرگ گماشت. نام وی نیز در کتیبه سردر مدرسه ذکر شده است.
این مدرسه در نزدیکی حرم مطهر قرار دارد. معماری این مدرسه، همانند بسیاری از ابنیه عصر صفوی دارای 4 ایوان است. مجموعاً 100 حجره در دو طبقه با آجر در این مدرسه ساخته شده است. مقرنسکاریها و کاشیکاریها نیز به سبک عصر صفوی است. در هنگام عریض سازی خیابان در دوره معاصر، سردر بنا بدون آسیب به عقب کشیده شد. در حال حاضر این مدرسه، تنها مدرسه باقی مانده از دوران صفوی است و سایر مدارس متعلق به این دوره تاریخی تخریب شدهاند.
هم اینک 150 طلبه که پیش از تحصیل علوم دینی در دانشگاه درس خوانده بودهاند، در این مدرسه درس میخوانند. کتابخانه این مدرسه در سال 1334 به دست سید حسن محدث افتتاح شد. تولیت این مدرسه به فرزند ارشد عباسقلی خان محول شد که متاسفانه در طی سالیان بعدی این مسئولیت از نوادگان وی گرفته شد. اما از سال 1387 به بعد دوباره تولیت آستان به یکی از نوادگان عباسقلی خان به نام حاج مرتضی سپهری شاملو، سپرده شد. وی با تلاش بسیار توانست مدرسه عباسقلی خان شاملو و جایگاه از دست رفته وی در امور حوزوی را احیا کند و اینک این مدرسه از بناهای مهم و مدارس ارزشمند حوزه علمیه مشهد است.