موزه کلیسای وانک اصفهان در سال 1905 تا 1906 توسط طاطاووس هونانیان، پسر هاروتون هونانیان نویسنده کتاب تاریخ جلفای اصفهان ساخته شد. کلیسای وانک نیز در سال 1655 میلادی همزمان با حکومت شاه عباس دوم، برای ارامنه ای که از دست عثمانیان فرار کرده و به جلفا آمده بودند، ساخته شد. در ساختمان کلیسا علاوه بر موزه یک کتابخانه بسیار دیدنی هم وجود دارد.
موزه کلیسای وانک در شمال شرقی حیاط کلیساست و در ابتدا فضایی برای نگهداری از نسخ خطی، اشیای قدیمی و کتاب های کلیسا بود اما به مرور با راهنمایی های شخصی به نام سرکیس خاچاطوریان، در سال 1930 تبدیل به موزه شد. بخش های مختلف این موزه شامل بخش مخصوص تابلوهای گچ بری و نقاشی، کتاب ها و نسخه های خطی قدیمی، آثار فلزی، آثار چوبی، ظروف سفال و چینی، صنعت چاپ و… است.
یکی از آثار جالب این موزه، تار مویی متعلق به دختری 18ساله است که شخصی به نام واهرام هاکوپیان، در سال 1974 با قلمی از الماس جمله ای از کتاب عهد عتیق را به زبان ارمنی روی آن نوشته است. ترجمه نوشته روی تار مو در کلیسای وانک این است: « به جهت دانستن حکمت و عدل و برای فهمیدن کلمات فطانت (از کتاب امثال سلیمان) – فطانت به معنای درک کردن و دانایی است.»
مجسمه روبروی کلیسای وانک یکی دیگر از دیدنی های این کلیساست که تندیسی از اسقف اعظم، خاچاطور کساراتسی است. او که خلیفه وقت ارامنه در آن زمان بود، آموزگار و موسس اولین چاپخانه خاورمیانه بود.